Pengawasan internal merupakan fungsi manajemen yang penting dalam penyelenggaraan aktivitas pengendalian internal (internal control) di lingkungan Perguruan Tinggi. Melalui pengawasan internal dapat diketahui apakah suatu perguruan tinggi telah melaksanakan kegiatan sesuai dengan tugas dan fungsinya secara efektif dan efisien, serta sesuai dengan rencana maupun kebijakan yang telah ditetapkan, dan kepatuhannya pada ketentuan yang berlaku. Selain itu, fungsi pengawasan internal atas penyelenggaraan aktivitas pengendalian internal di Perguruan Tinggi diperlukan untuk akselerasi pencapaian Good University Governance (GUG).

Pengawasan internal di lingkungan perguruan tinggi pada lingkup Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri dilaksanakan oleh Satuan Pemeriksa Internal (SPI). Tugas pokok dan fungsi SPI tidak terbatas pada fungsi audit setelah pelaksanaan kegiatan (post audit) tapi juga meliputi fungsi pengendalian dan pencegahan. Kontrol Pencegahan (Preventive Controls) yang dilakukan oleh SPI sangat dibutuhkan oleh UIN/IAIN/STAIN untuk memberikan kepastian bahwa tata kelola anggaran telah terlaksana dengan baik dan sesuai prinsip kepatuhan (compliance) terhadap aturan dan ketentuan yang berlaku serta diharapkan pula dari kontrol pencegahan ini dapat meminimalkan penggunaan anggaran negara yang tidak efektif dan efisien. Sehingga akan bermuara pada pencapaian output dan outcome yang berorientasi pada visi dan misi serta rencana strategis perguruan tinggi UIN/IAIN/STAIN yang telah ditetapkan.

Dalam pelaksanaan preventive controls, SPI menggunakan pendekatan Audit Berbasis Risiko (Risk Based Audit). Pendekatan audit ini berfokus dalam mengevaluasi risiko-risiko baik strategis, finansial, operasional, regulasi dan lainnya yang dihadapi oleh organisasi.